Terdapat dua bentuk reseptor estrogen yang berbeza, biasanya dirujuk sebagai α dan β yang dikodkan oleh gen yang berasingan (ESR1 dan ESR2, masing-masing). Reseptor estrogen yang diaktifkan oleh hormon membentuk dimer, dan, oleh kerana kedua-dua bentuk diekspresikan bersama dalam banyak jenis sel, reseptor boleh membentuk homodimer ERα (αα) atau ERβ (ββ) atau heterodimer ERαβ (αβ).[3] Reseptor estrogen alfa dan beta menunjukkan homologi jujukan keseluruhan yang ketara, dan kedua-duanya terdiri daripada lima domain yang ditetapkan A/B hingga F (disenaraikan dari terminal N- hingga C; nombor jujukan asid amino merujuk kepada ER manusia).

Domain terminal N A/B mampu mentransaktivasi transkripsi gen tanpa adanya ligan terikat (cth., hormon estrogen). Walaupun kawasan ini dapat mengaktifkan transkripsi gen tanpa ligan, pengaktifan ini lemah dan lebih berpilih berbanding dengan pengaktifan yang disediakan oleh domain E. Domain C, juga dikenali sebagai domain pengikat DNA, mengikat unsur tindak balas estrogen dalam DNA. Domain D ialah kawasan yang menghubungkan domain C dan E. Domain E mengandungi rongga pengikat ligan serta tapak pengikatan untuk protein kopengaktif dan korepresor. Domain E dengan kehadiran ligan terikat mampu mengaktifkan transkripsi gen. Fungsi domain terminal C F tidak jelas sepenuhnya, dan panjangnya berubah-ubah.[perlu rujukan]

Disebabkan penyambungan RNA alternatif, beberapa isoform ER diketahui wujud. Sekurang-kurangnya tiga isoform ERα dan lima ERβ telah dikenal pasti. Subjenis reseptor isoform ERβ boleh mentransaktivasi transkripsi hanya apabila heterodimer dengan reseptor ERß1 berfungsi sebanyak 59 kDa terbentuk. Reseptor ERß3 dikesan pada tahap tinggi dalam testis. Dua isoform ERα yang lain ialah 36 dan 46kDa.[4][5]

Hanya pada ikan, tetapi tidak pada manusia, reseptor ERγ telah ditemui.[6]